Tailandia fue nominada el lunes para reemplazar a las iraníes, informó la Confederación Asiática de Fútbol en su página de internet.
"FIFA decretó que el uso del hijab (velo) islámico es contrario a las normas del juego", dijo la CAF en un comunicado.
El comité olímpico iraní había pedido a la FIFA, organismo rector del fútbol mundial, y al Comité Olímpico Internacional que derogara la prohibición del velo, que usan todas las mujeres de acuerdo con la ley islámica.
El secretario general de la FIFA, Jerome Valcke, rechazó el pedido en una carta a la federación de fútbol iraní.
"Teniendo en cuenta la posición clara tomada por el (comité olímpico) de Irán, el Comité Ejecutivo de la FIFA no tuvo otra alternativa que tomar la decisión de que (Irán) no podrá participar", dijo Valcke según la CAF.
Irán debía participar en un torneo femenil de seis naciones en las primeras Olimpíadas Juveniles a realizarse el 12-25 de agosto en Singapur.
Tailandia representará a Asia frente a Turquia, Guinea Ecuatorial, Trinidad y Tobago, Chile y Papúa Nueva Guinea.
Unos 3.600 atletas de 14 a 18 años competirán en 26 deportes.